Фамилия Баксалов образована от прозвища или нецерковного имени Баксал. В её основе лежит диалектное слово «бакса» — так в некоторых русских говорах, особенно на севере и в Сибири, называли рыбу, чаще всего мелкую или сорную. Человек мог получить прозвище Баксал по роду занятий — рыбак или торговец рыбой, — либо по внешнему сходству: например, за худобу, юркость или «скользкий» характер. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Баксалов буквально значит «сын Баксала» или «из рода Баксаловых».

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским корнем «бакса» — «смотрящий, наблюдатель» или «баксы» — знахарь, колдун у народов Средней Азии. В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком, который занимался врачеванием или ворожбой, либо за переселенцем из татарской или башкирской среды. Однако для русской фамилии Баксалов эта гипотеза слабее: в документах XVII–XVIII веков чаще встречаются носители с очевидно рыболовецким контекстом — в писцовых книгах по Северной Двине и Вятке.

Фамилия редкая, не входит в списки самых распространённых. Географически её следы ведут в основном на Русский Север: Архангельская, Вологодская области, а также в Сибирь, куда северяне переселялись в XVIII–XIX веках. Встречается вариант написания Боксалов — с «о» в первом слоге, что отражает акающее произношение.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий на -ов, но основа необычная: параллели вроде Бакланов, Бакшеев, Баксин есть, но Баксалов стоит особняком из-за суффикса -ал, который в русской антропонимии встречается редко. Это может указывать на то, что прозвище образовано не напрямую от нарицательного слова, а через уменьшительную или уничижительную форму: Баксал — «маленькая бакса» или «рыбёшка».