Фамилия Бакусева — один из вариантов фамилии Бакусов, и её происхождение ведёт к немецкому прозвищу Бакус (Bacus). В основе лежит слово Backhaus, то есть «пекарня». Значит, предок носителя этой фамилии мог быть пекарем или владельцем собственной пекарни. Немцы начали появляться в России ещё в XVI веке: во время Ливонской войны 1558–1583 годов взятых в плен немцев тысячами расселяли по разным городам, давая право свободно исповедовать веру. Они привозили с собой новые профессии и считались лучшими мастерами. Позже, в 1762 и 1763 годах, императрица Екатерина II манифестами пригласила европейцев переселиться на берега Волги. На призыв откликнулись тысячи жителей немецких государств, и за несколько лет на территории современных Саратовской и Волгоградской областей поселилось более 25 тысяч человек. Среди них вполне мог быть и основатель рода Бакусевых.

Словообразовательная модель здесь несложная. Изначально фамилия, скорее всего, звучала как Бакус — это немецкое прозвище без изменений. В России к нему добавили типичное фамильное окончание -ов, которое впоследствии перешло в -ев. Такое чередование не редкость: в русских фамилиях суффикс -ев часто появляется после мягких или шипящих согласных, а здесь — после звука «с», который в некоторых говорах мог смягчаться. Важно, что фамилия Бакусева — женская форма; мужской вариант — Бакусев.

Интересно, что фамилия Бакусева встречается реже, чем Бакусов, и это может указывать на региональные особенности или на позднюю фиксацию в документах. Сравните с однокоренными фамилиями: Бакушин, Бакушев, Бакунов — все они тоже восходят к прозвищам, связанным с пекарным делом или сходным звучанием. Однако именно у Бакусевой сохранилась прямая связь с немецким источником, что делает её историю особенно прозрачной.