Фамилия Бакусовы происходит от имени Бакус — народной, разговорной формы церковного имени Аввакум. Исходное имя Аввакум имеет древнееврейские корни и переводится как «обнимающий». В русском быту имя Аввакум часто произносили и писали как Абакум, а от него образовалась ещё более краткая форма — Бакус. Именно она и легла в основу фамилии.

Самый известный носитель имени Аввакум — протопоп Аввакум, глава старообрядчества, ярый противник церковной реформы патриарха Никона. За свою непримиримость он провёл одиннадцать лет в сибирской ссылке, а затем три года в заключении в Пустозерске, после чего был сожжён. Эта историческая фигура прочно связала имя с расколом русской церкви, но фамилия Бакусов, скорее всего, возникла не в среде старообрядцев, а гораздо раньше, просто как бытовое сокращение имени.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий: «чей?» — «сын Бакуса». Поэтому Бакусовы — это потомки человека по прозвищу или имени Бакус. В русских говорах слово «бакус» могло также означать «болтун», «пустомеля» (от глагола «бакулить» — говорить), но для фамилии эта версия менее вероятна: имя Аввакум было широко распространено, и сокращение до Бакус — естественный языковой процесс.

Точное время и место появления фамилии Бакусов установить сложно: фамилии у крестьян и горожан закреплялись на протяжении нескольких столетий, с XVI по XIX век. Можно предположить, что предки Бакусовых жили в северных или центральных губерниях России, где имя Аввакум встречалось чаще. Фамилия не относится к числу очень редких, но и массовой не стала, сохранив связь с исходным именем.