Фамилия Балабатько — яркий пример восточнославянской модели с уменьшительно-ласкательным суффиксом. Её основа — прозвище Балабат, которое, скорее всего, происходит от глагола «балабонить» или «балабать» — говорить без умолку, болтать, пустословить. В украинских и южнорусских говорах «балабат» — это говорун, тараторка, человек, который любит поболтать или говорит невпопад.

Суффикс -к- в сочетании с окончанием -о (Балабат-к-о) типичен для украинских фамилий. Он выполняет ту же роль, что и русские -ов/-ев: превращает прозвище в наследственное имя рода. Форма на -ко особенно распространена на Левобережной Украине, в Полтавской, Черниговской и Сумской областях. В России такую модель часто «обрусевали»: Балабатько мог превратиться в Балабаткова.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским корнем «балабан» (сокол, кречет) или «балабай» (маленький ребенок, младший сын). В таком случае прозвище могло относиться к охотнику или к младшему в семье. Однако для фамилии Балабатько эта гипотеза слабая: суффикс -ат в украинских прозвищах чаще указывает на действие или свойство, а не на происхождение.

Сословной принадлежности у фамилии нет: Балабатько встречалась и среди казаков, и среди крестьян, и среди мещан. В документах XVIII–XIX веков её носители записаны в реестрах Запорожской Сечи, в метрических книгах Харьковской и Екатеринославской губерний. В XX веке фамилия осталась преимущественно украинской, хотя после переселений встречается и в Сибири, и на Дальнем Востоке.

Сравните с однокоренными: Балабан, Балабанов, Балабай, Балабон. Балабатько стоит особняком — редкий суффикс и прозрачная мотивация от глагола речи. Носитель такой фамилии, скорее всего, потомок человека, которого в селе знали как говорливого, бойкого на язык.