Фамилия Балабаненко образована по одной из самых распространённых моделей украинской ономастики — с патронимическим суффиксом -енко. Этот суффикс означает «сын» или «потомок»: Балабаненко — буквально «сын Балабана». В XVII–XVIII веках такие фамилии закрепились в основном на Левобережной и Слободской Украине, а позже распространились на юг России и Кубань.

Основа фамилии — прозвище Балабан. Слово «балабан» многозначное. В восточнославянских говорах им называли болтуна, шалуна, повесу или острослова. В нижегородских говорах значение смещалось в сторону плута и мошенника. Встречается и тюркская параллель: «балабан» в ряде тюркских языков — «большой», «старший», а также название крупной хищной птицы (балобан). Поэтому не исключено, что прозвище мог получить либо рослый, внушительный человек, либо, напротив, тот, кто отличался бойким и неспокойным нравом.

Фамилия Балабаненко — не единственная в этом гнезде. Рядом стоят Балабанов, Балабанюк, Балабановский. Но именно форма на -енко указывает на украинское происхождение рода. Такие фамилии редко встречаются у дворянства: в основном их носили казаки, крестьяне и мещане. В реестрах запорожских казаков XVIII века фамилии на -енко составляли большинство.

Сегодня Балабаненко — фамилия нечастая. Её носители живут преимущественно в Украине, в южных областях России и среди потомков украинских переселенцев в Казахстане и на Дальнем Востоке. Встречаются варианты написания с одной «н» — Балабаненко, хотя исторически суффикс -енко пишется с одним «н».