Фамилия Балабонкин образована от прозвища Балабонка. В русских говорах слово «балабон» (или «балабан») имело целый веер значений: болтун, шалун, повеса, шутник, острослов. В нижегородских говорах так называли ещё и плута с мошенником. Прозвище, скорее всего, давали человеку с живым, бойким языком — тому, кто любил посмеяться, отпустить колкость или пустить пыль в глаза. Менее вероятно, что в основе лежит тюркское «балабан» (большой барабан) или название хищной птицы балабан — эти значения не дают естественного прозвища для человека.

Суффикс -к- в основе Балабонк- указывает на уменьшительно-ласкательную или уничижительную форму: Балабонка — это «маленький балабон». А фамильный суффикс -ин стандартно оформляет фамилию по модели «чей?»: сын Балабонки — Балабонкин. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где преобладали фамилии на -ин, а не на -ов.

Фамилия редкая, в списках частотных не значится. Встречается в основном в Нижегородской области и Поволжье — это подтверждает связь с местным диалектным значением. В документах XVII–XVIII веков могли фиксировать как Балабонков (под влиянием московской нормы), но вариант на -ин закрепился как основной.

Однокоренные фамилии — Балабанов, Балабонов, Балабанкин. Все они восходят к тому же корню, но Балабонкин стоит особняком из-за редкого суффикса и узкой диалектной базы. По сословной принадлежности носители фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди; в дворянских родословных книгах Балабонкины не значатся.