Фамилия Балабонов относится к группе «профессионально-прозвищных» образований. Её основа — слово «балабон» или «балабан». В русских говорах у него несколько значений, и почти все они связаны с речью или действием. Чаще всего балабоном называли пустомелю, болтуна, человека, который говорит без умолку и без толку. Это значение закрепилось во многих регионах, от Новгорода до Сибири. В диалектах встречается и другой оттенок: балабон — это колокольчик, погремушка, то есть нечто звенящее и громкое, что тоже отсылает к шумному, заметному человеку.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе «Балабон», указав на принадлежность — «сын Балабона» или «из семьи Балабона». По такой же схеме возникли Балабанов (от «балабан» — барабан или лентяй) и Балабкин (от «балабка» — болтушка). Балабонов стоит в этом ряду особняком: суффикс -онов встречается реже, чем -ов, и указывает на более архаичную или диалектную форму прозвища. Встречается в основном в центральных и северных губерниях, особенно в Ярославской и Костромской областях, где слово «балабон» было в ходу.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским «балабан» (сокол, кречет). Если бы фамилия произошла от этого корня, она, скорее всего, писалась бы через «а» во втором слоге — Балабанов. Форма «Балабонов» с «о» крепче держится за славянскую диалектную почву. Так что предок носителя этой фамилии, скорее всего, был не охотником с птицей, а человеком с живым языком — либо говорливым, либо тем, кто за это получил прозвище от соседей.

Социально фамилия не была привязана к одному сословию. Балабоновы встречаются и среди крестьян, и среди мещан, и в купеческих списках XIX века — прозвище было распространённым и не несло отрицательной окраски в быту. В письменных источниках фамилия фиксируется с XVII века, например, в переписных книгах Рязанского уезда.