Фамилия Балабонкины образована от прозвища Балабонка. В его основе — нарицательное слово «балабан» или «балабон», которое в славянских говорах имело несколько значений. Чаще всего так называли болтуна, шалуна, повесу или острослова — человека бойкого и весёлого нрава. Однако в нижегородских говорах у слова был и другой оттенок: там «балабонкой» могли назвать плута и мошенника. Поэтому фамилия может указывать не только на общительный характер предка, но и на его хитрость или склонность к авантюрам.

Форма Балабонкины — это множественное число, типичное для русских фамилий, когда речь идёт о целой семье или роде. В единственном числе фамилия чаще всего звучит как Балабонкин. Модель образования простая: к основе прозвища Балабонк(а) добавился патронимический суффикс -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — Балабонкин, то есть сын или потомок Балабонки.

В целом, фамилия Балабонкиных — это самобытный памятник славянской культуры, закрепивший за родом прозвище, данное по характеру или поведению одного из предков. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии можно только после серьёзных генеалогических изысканий, но её звуковой облик и корень уверенно связывают её с северными и центральными русскими говорами.