Фамилия Балагуев образована от прозвища Балагуй. В русских говорах «балагуй» означало «говорун, шутник, весельчак» — человека, который балагурит, то есть ведёт весёлую, оживлённую беседу, рассказывает байки. Слово это, скорее всего, восходит к глаголу «балакать» (говорить, болтать) и к древнерусскому «балагурить» — «шутить, забавлять разговором». Таким образом, первый носитель фамилии мог получить её за живой нрав и любовь к шуткам.

Модель образования типична для русского ономастикона: суффикс -ев присоединился к основе на -й. По правилам русской орфографии «Балагуй» даёт форму «Балагуев», а не «Балагуйев». Такая же схема, например, у фамилий Каратаев, Кудеяров или Бурнаев — все от прозвищ на -ай/-яй и -уй. В отличие от фамилий на -ин, которые указывают на принадлежность (чей?), суффикс -ев здесь патронимический, то есть отвечает на вопрос «чей сын?»: сын Балагуя.

Встречается фамилия в разных регионах, но чаще всего её фиксируют в Поволжье и на Урале. В метрических книгах XIX века Балагуевы попадаются среди государственных крестьян и мещан — сословий, где прозвища сохранялись дольше, чем в дворянской среде. Редкость фамилии объясняется тем, что исходное прозвище было не столько именем, сколько характеристикой, и давали его не всем подряд, а только тем, кто выделялся общительностью.

Есть и другая, менее вероятная, версия: связь с тюркским «бала» (дитя) или «балагур» в значении «опекун». Но она не подкреплена ни географией, ни словообразовательной логикой: суффикс -уй в русских прозвищах хорошо известен, а тюркские корни в этой форме почти не встречаются. Поэтому основная версия остаётся самой убедительной.