Фамилия Баламутина — одна из тех, где прозвище предка просматривается почти без помех. В её основе лежит глагол «баламутить» — мутить, волновать, вносить смуту, беспорядок. В словаре Владимира Даля «баламут» — это смутьян, сплетник, тот, кто сеет раздор. Прозвище Баламут давали человеку беспокойному, склонному к ссорам или, наоборот, слишком деятельному и суетливому. Не обязательно с негативным оттенком: в некоторых говорах так могли назвать непоседу или затейника, который постоянно что-то придумывает.

Фамилия образована по стандартной для русской ономастики модели: к прозвищу на твёрдый согласный (Баламут) добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей сын?» — Баламутин. Такая форма характерна для северных и центральных областей России, где -ин так же распространён, как -ов на юге. Женский вариант Баламутина — это не отдельная фамилия, а форма, возникшая по грамматическому роду: так в документах записывали жену или дочь Баламутина. В современном употреблении оба варианта существуют как самостоятельные, но происходят от одного корня.

Есть и более редкая версия, которую приводят некоторые исследователи: связь со словом «баламут» в значении «род водорослей» или «мутная вода». В этом случае прозвище могло относиться к человеку, жившему у нечистого, заросшего пруда, или к рыбаку, чей промысел был связан с мутной водой. Однако эта гипотеза менее убедительна: прозвища по характеру и поведению в русской традиции встречаются гораздо чаще, чем по природным объектам.

В писцовых книгах и ревизских сказках фамилия встречается спорадически, без ярко выраженного «гнезда». Баламутины фиксировались в разных губерниях — от Вологодской до Курской, но нигде не составляли заметного слоя. Это говорит о том, что прозвище давали не в одном роду, а разным людям в разных местах, и фамилия возникала независимо. Среди носителей не было знати или купеческих династий — почти все относились к крестьянскому или мещанскому сословию. В советское время фамилия не исчезла, но осталась редкой: по данным современных телефонных справочников, Баламутины живут в основном в Центральной России и Поволжье.