Фамилия Балдашинов — редкий случай, где основа, скорее всего, тюркская, а суффикс — русский, что указывает на достаточно позднее оформление фамилии в среде, перешедшей на русский язык и православие. Суффикс «-ов» — стандартный патронимический, то есть фамилия образована от имени или прозвища отца: Балдаш + -ин → Балдашин, а затем по аналогии с другими фамилиями на твёрдую основу (возможно, под влиянием фамилий на «-инов») возникла форма Балдашинов. Но проще и логичнее видеть здесь модель «Балдаш + -инов», где «-ин» — притяжательный суффикс, а «-ов» — уже вторичное наращение для адаптации к русскому склонению.

Корень «Балдаш» — это вариант тюркского имени или прозвища. Самое прямое объяснение лежит на поверхности: в тюркских языках «балда» (или «балта») означает «топор». «Балдаш» могло быть прозвищем плотника, дровосека или воина, а также именем-оберегом — твёрдым, как топор. В татарском и башкирском языках имя Балташ (или Балдаш) фиксируется как мужское личное имя. В казахском языке есть слово «балдаш» в значении «помощник, подручный», что тоже могло стать основой для прозвища.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с русским диалектным словом «балда» (дурак, болван) или «балдак» (набалдашник, рукоять). Но для фамилии Балдашинов такая этимология слаба: суффикс «-аш» в русских прозвищах встречается редко, а вот тюркский аффикс «-аш» (уменьшительно-ласкательный) — обычное дело. Поэтому тюркская версия убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили татары, башкиры, чуваши, а затем в XIX веке получали фамилии по отцу. Носители фамилии Балдашинов встречаются в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане. Это говорит о том, что предок, вероятно, был из тюркской среды, принял православие (или его дети) и получил фамилию по отцовскому имени Балдаш.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Балташев, Балтаев, Балдашев — подтверждает, что основа одна и та же, а разница в суффиксах (ев/ов) зависит от фонетики: если имя оканчивалось на «аш», то по правилам русского языка фамилия могла писаться и как Балдашев, и как Балдашинов. Форма на «-инов» встречается реже и может указывать на более позднюю запись в метрических книгах, когда писарь добавил лишнее «ин» по аналогии с фамилиями вроде «Михайлов — Михайлинов».