Фамилия Балекина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Балекин. Её ядро — прозвище или нецерковное имя Балека. В русской ономастике слова с корнем «бал-» часто связаны с глаголом «балакать» — говорить, болтать, иногда пустословить. Соответственно, Балекой в северных и центральных говорах могли назвать говорливого человека, балагура или того, кто любит вести долгие разговоры.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Балекин буквально означает «сын Балéки» или «человек из рода Балéки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я. Важно не путать с фамилиями на «-кин» от слов на «-ка» (например, Балакин от «балака»), но здесь основа именно Балека, а не Балака. Разница в гласной могла возникнуть из-за местного произношения: в некоторых диалектах «а» после мягких согласных переходило в «е» (явление «яканья» или «еканья»).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским именем Балык (в переводе «рыба») через форму Балыка. Однако для русской фамилии Балекина такое происхождение спорно: тюркские корни обычно дают фамилии на «-ов» (Балыков), а не на «-ин». Также не стоит исключать вариант, что в основе лежит уменьшительная форма от имени Валентин или Валерий (Валя → Баля → Балека), но это редкость для документальных источников.

Фамилия встречается преимущественно в центральных областях России, особенно в Поволжье и на Урале, где были распространены говоры с «еканьем». Встречаются варианты написания Балёкина (с буквой «ё»), что может указывать на ударение на второй слог: Балёкин. Исторически носители фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие прозвище по речевой особенности предка.