Фамилия Баликаев — одна из тех, где корень не лежит на поверхности, а суффикс указывает на восточные корни. Самая вероятная версия происхождения — тюркская. Основа «Балика» восходит к тюркскому слову «балык» (рыба). В таком случае фамилия образована от прозвища Балык или Балыка — так могли назвать рыбака, торговца рыбой или просто человека с «рыбьей» внешностью (например, с большими, навыкате глазами). Суффикс -ев (а в исходной форме — -ев/-аев) типичен для русских фамилий, образованных от тюркских имен и прозвищ: он присоединялся к основе, оканчивающейся на согласный или гласный, и означал принадлежность («сын Балыка»).

Возможна и более сложная версия — от имени Баликай. В некоторых тюркских языках суффикс -кай/-гай придает имени уменьшительное или ласкательное значение. Так, Баликай могло быть домашним, «детским» именем от того же «балык» (рыбка) или от арабского имени Балиг (совершеннолетний, зрелый), адаптированного в тюркской среде. Фамилия Баликаев тогда означала бы «потомок Баликая».

Обратите внимание на суффикс -аев: он характерен для фамилий, возникших в среде поволжских татар, башкир и других тюркских народов, которые позже вошли в состав русского дворянства или служилого сословия. Встречаемость фамилии в современных базах данных (например, в Казани, Уфе, Челябинской области) подтверждает эту региональную привязку. В русском контексте фамилия могла закрепиться за обрусевшими татарскими мурзами или казаками, но чаще всего встречается именно у татар и башкир.

Таким образом, предки носителя фамилии Баликаев с высокой вероятностью были людьми, связанными с рыбным промыслом, или же получили прозвище по имени предка, жившего в Волго-Уральском регионе. Фамилия не является ни слишком редкой, ни массовой, и её разбор не вызывает серьёзных споров среди ономатологов.