Фамилия Балканы — редкий случай, когда географическое название перешло в фамилию напрямую, без суффикса принадлежности. Обычно от названий местности образовывались фамилии на -ский (Балканский) или -ов (Балканов), но форма Балканы — это застывшее прозвище или, что вероятнее, указание на место жительства в родительном падеже: «с Балкан», «из Балкан». В русской ономастике такие фамилии встречаются у выходцев из южнославянских земель или у людей, получивших прозвище по месту службы или торговли на Балканском полуострове.

Основа фамилии — топоним «Балканы», который в свою очередь восходит к турецкому «balkan» — «лесистая гора». В османский период это слово прочно закрепилось за горной системой на юге Европы, а затем и за всем регионом. Если перед нами не искусственное переименование (что в XVIII–XIX веках случалось у семинаристов или при записи в рекруты), то носитель фамилии Балканы — либо человек, чьи предки переселились с Балкан в Россию, либо тот, кто получил прозвище за связь с этими землями (купец, дипломат, солдат, участник русско-турецких войн).

Словообразовательная модель нестандартна: отсутствие суффикса (-ов, -ин, -ский) указывает на то, что фамилия могла оформиться поздно, в среде, где фамилии ещё не устоялись, или же это прозвище, записанное в документах без изменений. В некоторых случаях «Балканы» могло быть уличным прозвищем, данным человеку за внешность или характер, напоминавший о «балканском темпераменте», но это уже народная этимология, не подкреплённая историческими записями.

Географически фамилия встречается в основном на юге России и в украинских землях, бывших частью Российской империи, а также среди потомков сербских и болгарских переселенцев, которые в XVIII–XIX веках оседали в Новороссии и Бессарабии. В современной России фамилия крайне редка, что делает её маркером чёткой семейной истории, которую можно восстановить по военным и ревизским спискам.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Балканов, Балканский — показывает разницу в социальном контексте: Балканский чаще давали дворянам или духовенству (как «красивая» фамилия по месту службы), Балканов — крестьянам и мещанам (по отцу, которого прозвали Балкан), а Балканы — самая простая и прямая форма, без попыток «облагородить» звучание.