Фамилия Балохин образована от прозвища или нецерковного имени Балоха. В основе лежит диалектное слово «бал(о)ха», которое в разных русских говорах имело непохожие значения. В одних областях балохой называли большую рыбу, в других — неуклюжего, медлительного человека, а в третьих — болтуна или пустомелю. Слово родственно глаголу «балакать» (говорить, болтать) и могло относиться к человеку бойкому на язык.

Модель типична для русского Севера и центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность «сын Балохи» или «человек из семьи Балохи». Такие фамилии чаще всего возникали в крестьянской среде, где прозвища давали по внешности, поведению или привычкам. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с именем Балоха — например, в Вологодском уезде.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с тюркским словом «балык» (рыба), которое через татарское или башкирское посредничество могло попасть в русские говоры. Однако в таком случае ожидалась бы форма Балыкин, а не Балохин. Поэтому версия с чисто славянским корнем выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, встречается в основном в центральной России и Поволжье. В дореволюционных источниках Балохины фиксируются как мещане и государственные крестьяне. Известных носителей с широкой известностью нет, что типично для фамилии, не попавшей в дворянские родословные книги.