Фамилия Балохнин — редкий случай, когда географическое название почти наверняка перевесило личное прозвище. Основа здесь — топоним Балохна. Так раньше называли город Балахну в Нижегородской области (сейчас это Балахна, но в старых говорах и документах встречается форма «Балохна»). Жителя Балахны называли балохнич, балохнин, отсюда и пошла фамилия: Балохнин — «сын балохнина», то есть выходца из Балахны.

Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду: чей? — Балохнин. Такая модель типична для прозвищ и названий по месту жительства, особенно в северных и центральных русских землях. Если бы фамилия образовалась от прозвища, а не от города, мы бы ждали другого суффикса — например, Балохнов или Балохновский, но -ин чётко привязывает носителя к конкретному населённому пункту.

Есть и альтернативная, но менее убедительная версия: от прозвища Балохна, которое могло означать «болтун» или «пустомеля» (от диалектного «балохнить» — болтать, пустословить). Однако фамилия Балохнин встречается преимущественно в Нижегородской области и соседних регионах, что прямо указывает на связь с Балахной. Прозвищная версия была бы правдоподобна, если бы фамилия была рассеяна по всей России, но здесь ареал слишком узок.

В XVII–XVIII веках Балахна была крупным солеваренным центром, и оттуда выходило много мастеровых, купцов и крестьян, которые расселялись по Волге. Фамилия Балохнин могла закрепиться за теми, кто перебрался в другое село или город, но сохранил память о малой родине. В современном написании фамилия встречается нечасто, что объяснимо: после унификации названия города в Балахну форма «Балохнин» стала архаичной, но её носители не меняли написание, и это сохранило историческую фонетику.