Фамилия Бандолин — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с русскими корнями. Если отбросить маловероятные версии о связи с музыкальным инструментом (бандолин — разновидность мандолины), то наиболее правдоподобное объяснение лежит в области западноевропейских фамилий, попавших в Россию.

Скорее всего, основа фамилии — итальянская или французская фамилия Bandolin, Bandolini. В Италии она могла образоваться от уменьшительной формы имени Бандо (Bando), которое, в свою очередь, является сокращением от Альдобрандо или других германских имён с элементом «бранд» (меч). Французский вариант мог возникнуть от прозвища bandolin — «маленькая лента» или «повязка», что указывало бы на профессию торговца галантереей или на особенность одежды.

В России носители фамилии Бандолин — это, как правило, потомки иностранцев, приглашённых на службу в XVIII–XIX веках: архитекторов, инженеров, военных или музыкантов. Суффикс -ин в русском языке типичен для фамилий, образованных от основ на -а/-я, поэтому фамилию русифицировали по стандартной модели: Бандолин (сын Бандоли). География бытования фамилии в России крайне узкая — единичные случаи в крупных городах и, возможно, в бывших немецких колониях Поволжья, где оседали выходцы из разных стран Европы.

Другие версии, например, связь с тюркским словом «банды» (связка, узел), маловероятны из-за нехарактерного для тюркских языков окончания. Таким образом, Бандолин — не крестьянская и не купеческая фамилия, а скорее «привозная», указывающая на иностранное происхождение предка, который обрусел, сохранив звучную и необычную для русского уха фамилию.