Фамилия Банокины — редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а восточное родовое именование. Её ядро — слово «Банока», которое, скорее всего, сложилось из двух тюркских корней. Первая часть, «бан», могла указывать на одно из древних тюркских племён. Вторая часть, «ока», в некоторых тюркских языках означает «племя» или «род». Таким образом, прозвище Банока могло значить «человек из племени бан» — то есть указывать на родовую принадлежность, а не на личную черту.

Есть и другая, менее вероятная, но не лишённая оснований версия. В Ставропольском крае встречается топоним Банока, который, по некоторым данным, переводится с местных наречий как «красная ива». Если прозвище дали по месту жительства, то предок Банокиных мог быть выходцем из этого урочища или селения.

Суффикс -ин в фамилии Банокин — стандартный русский патронимический показатель, отвечающий на вопрос «чей?». Он означает, что фамилию дали по отцу или главе семьи: сын Баноки, внук Баноки. В документах начала XX века фамилия уже встречается в разных губерниях: например, Банокин Вениамин Романович (1911 года рождения, Оренбургская область) и Банокин Михаил Алексеевич (1905 года рождения, деревня Иваньково Ивановской области). Разброс по регионам говорит о том, что носители фамилии не сидели на одном месте, а расселялись, вероятно, вместе с волнами переселения крестьян на восток.