Фамилия Бараховская или Бараховский образована по типичной для восточнославянских земель модели — с помощью суффикса -ский. Такие фамилии чаще всего указывали на географическое происхождение: предок носителя был выходцем из населённого пункта с названием Барахово, Бараховка или Барахи. Подобные топонимы встречаются в Беларуси и на западе России, особенно в бывших землях Великого княжества Литовского, где фамилии на -ский получили широкое распространение среди шляхты и мещан.

Основа фамилии — Барах- — восходит к прозвищу или имени Барах. В старину «барах» могло означать либо беспорядок, хлам (от тюркского «барах» — скарб, пожитки), либо быть производным от крестильного имени Варфоломей в его народной форме Варах или Барах. Второй вариант правдоподобнее: в белорусской и украинской традиции имя Варфоломей сокращали до Барах, а от него уже образовывали отчества и фамилии с разными суффиксами.

Версия о прозвищном происхождении (человек, связанный с барахлом, торговлей подержанными вещами) менее убедительна. Такие прозвища обычно давали не в положительном ключе, и фамилии от них образовывались реже, чем от имён. К тому же суффикс -ский в русской и польской ономастике почти всегда привязан к месту, а не к личному качеству.

Сословно носители фамилии Бараховский могли принадлежать к мелкой шляхте или духовенству, особенно если речь о западных губерниях Российской империи. Однако без конкретных генеалогических записей утверждать это с уверенностью нельзя — фамилия встречается и у крестьян, переселившихся из деревни Барахово в город.

В написании фамилии возможна вариативность: в дореволюционных документах встречается как Бараховский, так и Бараховской (с ударением на последний слог), что характерно для южнорусских и украинских говоров. Современная форма с окончанием -ий закрепилась в литературной норме.