Фамилия Бардахаев звучит непривычно для центральной России, и это верный признак того, что перед нами фамилия восточного происхождения. Её основа — тюркское или монгольское личное имя или прозвище Бардахай. В тюркских языках корень «бард» (bard) может означать «имеющийся», «существующий», а также быть связан с понятием «бардак» (в значении «сосуд для вина» или «беспорядок»), но для фамилии более вероятно значение, восходящее к монгольскому «бардах» — «хвастаться», «бахвалиться» или «быть гордым». Таким образом, Бардахай — это, скорее всего, прозвище гордого, заносчивого или хвастливого человека, которое закрепилось за ним и перешло к потомкам.

Суффикс «-аев» (фонетический вариант «-аев» от «-ай/ей + -ев») указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских основ. По правилам русской грамматики, фамилии на «-аев» типичны для народов Поволжья, Урала и Сибири, где происходило смешение славянских и тюркских антропонимиконов. Этот суффикс означает принадлежность: «сын Бардахая» или «из рода Бардахая». Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Бардаха́ев.

Географически фамилия Бардахаев наиболее вероятна среди бурят, калмыков или алтайцев, а также у татар и башкир. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков такие фамилии фиксировались в казачьих станицах на южном Урале и в Забайкалье, куда ссылали служилых людей и где они вступали в браки с местным населением. В отличие от более распространённых фамилий на «-ов» и «-ин», Бардахаев сохраняет яркий региональный колорит и указывает на конкретную этническую среду.

С точки зрения социального статуса, носители этой фамилии, вероятно, происходили из среды служилых людей или казаков, которые принимали в свою среду представителей кочевых народов. Прозвище Бардахай мог получить человек, выделявшийся своим характером или поведением, и оно не несло негативного оттенка, а скорее описывало яркую черту личности. В современных базах данных фамилия встречается редко, что подтверждает её локальный характер и сохранение в замкнутых сообществах.