Фамилия Бардахов — довольно редкая, но прозрачная по своему происхождению. Её основа — слово «бардак» в одном из его старых значений. Сегодня это слово ассоциируется с беспорядком, но в южнорусских и украинских говорах «бардаком» называли не только кабак или харчевню, но и место, где варят пиво или брагу, то есть пивоварню или корчму. В донских и кубанских диалектах «бардаком» могли называть и шумное сборище, гульбу, а самого содержателя такого заведения — «бардачником» или «бардаком».

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели с суффиксом принадлежности -ов. Бардахов — буквально «сын (или потомок) Бардака». Исходное прозвище Бардак, скорее всего, получал либо владелец питейного заведения, либо человек, который в нём работал, либо же обладатель беспокойного, шумного нрава. В русской ономастике прозвища от названий питейных мест и профессий, связанных с ними, не редкость: вспомним фамилии Кабанов, Корчмарев, Пивоваров. Бардахов стоит в этом же ряду.

Интересно, что фамилия Бардахов не встречается в центральных и северных областях России, где слово «бардак» в значении «кабак» было менее употребительно. Её географический центр — юг России, Украина, а также территории бывшего Войска Донского. Это косвенно подтверждает, что фамилия могла сложиться в среде казачества или мещанства южных городов, где корчмы и шинки были частью повседневной жизни.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с тюркским корнем, так как слово «бардак» (в значении «сосуд для вина») пришло в русский язык из тюркских языков. В этом случае прозвище могло относиться к изготовителю или продавцу сосудов. Однако для русского уха и словообразовательной модели фамилии первая версия — от прозвища по месту или занятию — остаётся основной и наиболее естественной.