Фамилия Баргунов не самая распространённая, но её происхождение прослеживается достаточно ясно. В её основе лежит прозвище или мирское имя Баргун. Слово «баргун» в русских говорах, особенно северных и сибирских, означало «ворчун», «брюзга», «человек, который говорит невнятно или сердито». Корень здесь — «барг-», родственный словам «барготать» (бормотать, ворчать) и диалектному «баргун» — «шумливый, крикливый человек». Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище за характер или манеру речи.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ, оканчивающихся на твёрдый согласный. Баргунов буквально значит «сын Баргуна» или «из семьи Баргуна». Фамилия относится к числу «патронимических», то есть образованных от имени или прозвища отца. Такая модель стала массовой в XVI–XVII веках, когда у крестьян и посадских людей закреплялись наследственные фамилии.

Интересно, что слово «баргун» имеет и другое, более редкое значение — в некоторых областях так называли вид ткани или одежды. Однако эта версия менее правдоподобна для фамилии: прозвища от названий тканей встречаются, но значительно реже, чем от черт характера. Ономастический словарь Б. Унбегауна подтверждает, что основа «барг-» в русских фамилиях восходит именно к диалектным глаголам со значением «ворчать».

Географически фамилия Баргунов чаще встречается в Архангельской, Вологодской областях и в Сибири — регионах, где сохранились северные говоры и где слово «баргун» было в ходу. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, поскольку дворянские роды с таким окончанием обычно имеют более прозрачную этимологию от географических названий или церковных имён.

В написании фамилии возможна путаница: иногда её путают с фамилией Барганов, образованной от тюркского имени Барган (что значит «пришедший»). Но для Баргунова тюркская версия маловероятна — русская диалектная основа здесь лежит на поверхности.