Фамилия Башкиря — редкий случай, когда географическая привязка видна почти сразу, но механизм её образования неочевиден. В отличие от распространённых «Башкиров» или «Башкирцев», здесь нет суффикса принадлежности -ов. Окончание -я указывает на иную модель: скорее всего, это украинская, белорусская или польская фамилия, где -я выполняет роль, близкую к русскому -а, то есть является простым окончанием, а не уменьшительным суффиксом.

Основа «Башкир-» могла быть прозвищем человека, который имел отношение к башкирам: торговал с ними, жил в их краях, перенял особенности одежды или поведения. В XVI–XVII веках, когда русские осваивали Поволжье и Приуралье, такие прозвища давали и русским крестьянам, и служилым людям, побывавшим в башкирских степях. Однако окончание -я характерно скорее для западнорусских земель, где этнонимы часто переходили в фамилии без изменений: Литвин, Татарин, Башкиря — форма именительного падежа, застывшая в качестве фамилии.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским личным именем Башкир (в значении «главный, верховный»), которое могло попасть в русскую среду через татар или самих башкир. В этом случае фамилия Башкиря — это просто русифицированное имя, данное по отцу, но без патронимического суффикса. Такая модель встречается у украинских казаков и у поляков: например, фамилия Груша, Сосна, а также Башкиря — то есть человек, которого звали Башкир.

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, была крестьянской или мещанской. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована, что типично для прозвищных фамилий, возникших в простонародье. Встречаемость фамилии сегодня крайне низкая, единичные носители живут в Беларуси и на западе Украины, что подтверждает версию о западнорусском происхождении.