Фамилия Башкирева образована от прозвища Башкиря, которое восходит к этнониму «башкиры» — народу тюркской языковой группы, издавна живущему на Южном Урале. Прозвище могли дать человеку, долго прожившему среди башкир, либо тому, кто внешностью или поведением напоминал представителей этого народа. Словообразовательная модель проста: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Башкиревы — потомки человека по прозвищу Башкиря.

Происхождение самого этнонима «башкир» спорно. По одной версии, оно означало «волк-вожак», по другой — «пчелиная матка». Вторая версия не случайна: у башкир было широко распространено пчеловодство, и образ матки как главы роя мог перенестись на название племени. Есть и третья гипотеза: «башкир» — «старейшина, аксакал», и так могли называть самое крупное и главное племя среди родственных групп Приуралья.

Прозвище Башкиря закрепилось за конкретным человеком как обиходное именование, а со временем перешло в фамилию. В русской ономастике это типичный случай, когда этническое прозвище становится родовым именем — по той же модели возникли, например, Татаринов, Карелин или Чувашов. В отличие от фамилий на -ин, образованных от основ на -а/-я, здесь суффикс -ев, что говорит о возможном варианте прозвища Башкир (без окончания -я) или о древней форме притяжательного прилагательного.