Фамилия Башкир образована напрямую от прозвища, без типичных фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это редкая модель: обычно такие фамилии давали в среде, где прозвище было устойчивым и не требовало оформления по патронимическому принципу (как, например, у украинских казаков или в некоторых регионах России).

В основе прозвища лежит этноним «башкиры» — народ тюркской этноязыковой группы, живущий на Южном Урале. Башкиром могли назвать человека, который долго прожил среди башкир, перенял их обычаи, одежду или манеру поведения. Либо — человека, который внешне или по характеру напоминал представителей этой народности: коренастого, смуглого, с окладистой бородой, вспыльчивого или, наоборот, гостеприимного и хлебосольного.

Происхождение самого этнонима «башкир» спорно, и это добавляет глубины фамилии. По одной из версий, он означал «волк-вожак»: волк как символ воинской доблести был одним из главных тотемов башкир. По другой — «пчелиная матка»: у башкир было широко распространено пчеловодство, и этот образ мог лечь в основу самоназвания. Третья версия выводит значение «старейшина, аксакал» — так могли называть главное, самое большое племя из населявших Приуралье родственных племён. Какая из этих версий верна — вопрос к историкам языка, но для фамилии важен сам факт: прозвище Башкир звучало весомо, с оттенком уважения или любопытства.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу — регионам, где русские и башкиры веками жили бок о бок. Встречается она и в центральных областях России, но там, скорее всего, её принесли переселенцы с востока или солдаты, служившие в Оренбургском крае.

В отличие от фамилий вроде Башкирцев или Башкиров, фамилия Башкир не указывает на принадлежность («чей-то сын»), а фиксирует прозвище одного конкретного человека. Потомок того, кого в деревне звали Башкиром, со временем получил фамилию без изменений — и она закрепилась в документах.