Фамилия Башкирцев образована от прозвища Башкирец. В основе лежит этноним: башкиры — тюркский народ, исторически живущий на Южном Урале. Прозвище Башкирец могли дать либо выходцу из этого народа, либо человеку, который внешне или по образу жизни напоминал кочевника-скотовода. В русских говорах так могли называть любого пришлого с Урала, независимо от точной национальности.

Слово «башкир» само по себе не имеет однозначной этимологии. Есть несколько версий: «волк-вожак» (от тюркских корней), «пчелиная матка» (намек на развитое бортничество у башкир) или «старейшина, аксакал». Последняя версия связывает название с главенствующим племенем в Приуралье. Какая из них верна — спорят до сих пор, но для фамилии это не принципиально: прозвище указывало на происхождение или тип человека, а не на точный перевод этнонима.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище на -ец (Башкирец) плюс патронимический суффикс -ев. Суффикс -ев, а не -ов, появился из-за мягкой основы (Башкирец → Башкирцев). Подобным образом сложились фамилии Казанцев, Пермяков, Мордвинов.

Фамилия не относится к редким географическим — она встречается в разных регионах России, но чаще там, где проходили исторические контакты русского и башкирского населения: на Урале, в Поволжье, в Оренбуржье. В писцовых книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков Башкирцевы фиксировались среди служилых людей, крестьян и ямщиков. Сословной закрепленности за фамилией не было — её носили и крестьяне, и купцы, и дворяне (в основном выслужившиеся).

В написании фамилии возможна вариация Башкирцов (с окончанием -ов), но форма Башкирцев закрепилась как нормативная. Связано это с тем же фонетическим правилом: после мягкого согласного [ц] в фамилиях чаще пишут -ев.