Фамилия Батакшевы — один из тех тюркских следов, которые осели в русской ономастике, обрастая со временем русскими суффиксами. В её основе лежит прозвище Батакша или Батакши, которое напрямую связано с тюркским словом «батак» — топь, болото. Скорее всего, прозвище закрепилось за человеком, который жил у болота или на сырой, низинной земле: в тюркской среде топонимические прозвища по месту жительства давали часто и охотно.

Менее вероятная, но любопытная версия отсылает к турецкому «батакчи». В османском просторечии так называли мошенника или кутилу, который быстро спускал всё, что заработал. Если прозвище пошло от этого значения, то перед нами не географическая, а характерологическая характеристика — прозвище по поведению. Обе гипотезы имеют право на существование, но первая, «болотная», выглядит убедительнее: она проще и встречается в тюркской антропонимии чаще.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Батакш- добавили суффикс принадлежности -ев (фонетический вариант -ов после шипящих). Так тюркское прозвище превратилось в русскую фамилию, которая закрепилась за потомками. Суффикс указывает, что фамилия складывалась уже в русскоязычной среде, скорее всего, в среде служилых татар или крещёных тюркских народов Поволжья.

Фамилия редкая, в массовых списках не встречается, что говорит о локальном бытовании. Без серьёзных генеалогических изысканий — по писцовым книгам и ревизским сказкам — определить точное место и время её возникновения сложно. Но само сочетание тюркского корня и русского суффикса — надёжный маркер того, что предки носителей фамилии прошли через культурный и языковой переход, характерный для многих окраинных территорий Российского государства.