Фамилия Батакшева образована от прозвища Батакша или Батакши. Его основа — тюркское слово «батак», которое переводится как «топь» или «болото». Скорее всего, прозвище закрепилось за человеком, жившим в заболоченной, сырой местности. Такие прозвища по месту жительства — распространённая модель в тюркской ономастике: они не несли оскорбительного смысла, а просто указывали на характерную черту ландшафта, где стоял дом предка.

Менее вероятна, но тоже возможна связь с турецким словом «батакчи». В этом значении так называли мошенника или человека, который быстро и бездумно тратил заработанное. Эта версия слабее: прозвища с негативным оттенком реже становились фамилиями, особенно если в роду не было зафиксировано соответствующей репутации у основателя.

Фамилия оформлена по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или шипящий. Форма Батакшева — женский вариант, мужская фамилия в этом роду — Батакшев. Такая модель типична для фамилий, возникших в зоне русско-тюркского пограничья, особенно в Поволжье и на Урале, где тюркские прозвища адаптировались к русской грамматике через фамильные суффиксы.

Передаваясь из поколения в поколение, фамилия Батакшева сохранила память о происхождении своего первого носителя. Потомок человека по прозвищу Батакша (Батакши) со временем получил фамилию, которая и сегодня остаётся ценным источником семейной истории.