Фамилия Батакшев образована от прозвища Батакша или Батакши. В основе лежит тюркское слово «батак» — топь, болото. Скорее всего, прозвище закрепилось за человеком, который жил в сырой, заболоченной местности: такие ориентиры часто становились основой для фамилий у народов, тесно связанных с природой.

Менее вероятна другая версия — от турецкого «батакчи». Так называли мошенника или того, кто быстро и бездумно тратил всё заработанное. Эта гипотеза слабее, поскольку прозвища с отрицательной окраской реже становились родоначальниками фамилий, особенно если для этого есть нейтральное объяснение.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Батакши». В тюркских языках показатель -чи/-ши обозначает род деятельности или характерный признак, поэтому Батакша — это не просто имя, а прозвище-характеристика. Фамилия Батакшев встречается редко, её носители в основном сосредоточены в Поволжье и на Урале — регионах, где веками пересекались русские и тюркские языки.