Фамилия Батакова образована от прозвища Батак, которое восходит к тюркскому слову batak — «топь, трясина, болото». Скорее всего, Батаком называли человека, жившего рядом с заболоченным местом. Но у этого прозвища был и переносный смысл: на Руси так могли назвать бедного, несчастного человека — того, кто «увяз» в нужде или горе.

Одно из первых письменных упоминаний относится к середине XVII века. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского записан Батаков Семен, торговый человек, 1638 год, Вологда. Это говорит о том, что фамилия бытовала в северных русских землях и принадлежала посадским людям — купцам и ремесленникам.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — Батаков, то есть сын или потомок Батака. Женская форма Батакова закрепилась в документах как вариант для женщин или как фамилия в родительном падеже, но в современном употреблении она стала самостоятельной.

Интересно, что корень batak встречается и в других фамилиях — Батаев, Баталин, — но именно форма Батаков удерживает прямую связь с прозвищем по месту жительства или социальному положению. Географически фамилия чаще встречается в Вологодской области и соседних регионах, что подтверждает вологодское происхождение первого известного носителя.