Фамилия Батаков происходит от прозвища Батак. В основе лежит тюркское слово batak — «топь, трясина, болото». Скорее всего, прозвище дали человеку, который жил в сырой, заболоченной местности. Но у слова был и переносный смысл: в тюркских языках «батак» могли назвать бедняка или того, кто попал в тяжелое положение, — отсюда еще одна возможная причина появления прозвища.

Первое документальное упоминание фамилии относится к середине XVII века. В «Ономастиконе» Степана Веселовского записан Батаков Семен, торговый человек 1638 года из Вологды. Это раннее свидетельство того, что фамилия уже бытовала на Русском Севере.

По модели образования фамилия типична для русской ономастики: суффикс -ов присоединялся к основе Батак, указывая на принадлежность потомка конкретному человеку. То есть Батаковы — это «дети Батака». Встречается также вариант написания с одной «т» — Батаков, что связано с особенностями произношения и записи тюркских слов в русских документах XVII века.