Фамилия Батанины (в исходной форме — Батанин) образована от прозвища или личного имени предка. В её основе лежит слово «батан», у которого есть два основных значения, и оба дают правдоподобное объяснение происхождения фамилии.

Первая версия — «птичья». Батяном или батьяном в русских говорах называли чёрного аиста. Птица редкая, красивая, с чёрным оперением, сухопарая и изящная. Прозвище Батан мог получить человек с такими же внешними чертами — смуглый, черноволосый, стройный. В народной культуре аист — знак счастья и покровитель рождения детей. Поэтому не исключено, что прозвище дали счастливому многодетному отцу, шутливо связывая его с поверьем о том, что аист приносит младенцев.

Вторая версия — профессиональная. Батаном называли подвижную часть ткацкого станка — механизм, который направляет челнок при переплетении нитей. В этом случае прозвище Батан мог получить ткач или мастер, работавший с текстильным оборудованием. Такие прозвища по ремеслу — обычное дело для русских фамилий, где суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — «Батанов сын», то есть сын человека по прозвищу Батан.

Обе версии имеют право на существование, и без точных генеалогических записей определить, какая из них верна для конкретной ветви Батаниных, невозможно. Фамилия фиксирует прозвище предка, которое со временем закрепилось за его потомками. О точном месте и времени возникновения фамилии сейчас говорить сложно — процесс становления русских фамилий шёл несколько столетий, и Батанины могли появиться в разных регионах независимо друг от друга.