Фамилия Батожний — редкий случай, когда прозвище почти полностью вытеснило исходное имя. Её основа — слово «батог» (палка, посох, трость, а в старину ещё и орудие наказания). Человек, получивший такое прозвище, мог быть либо пастухом (ходил с посохом), либо нищим странником (опирался на батог), либо, реже, исполнителем телесных наказаний — тем, кто «бил батогами». В любом из вариантов прозвище указывало на занятие или характерную внешнюю примету.

Суффикс -ний — один из ключей к географии. В русской фамильной модели он нетипичен: классические фамилии оканчиваются на -ов, -ин, -ский. Окончание -ий (Батожний) чаще встречается на западе и юго-западе России, а также в Беларуси и на Украине, где прилагательные в фамилиях нередко сохраняют стяжённую форму. Сравните: Батожный (полный вариант) и Батожний (краткий, более народный). Такая форма могла закрепиться в среде казачества или вольных крестьян, где фамилии складывались стихийно, без влияния канцелярий.

В ономастике есть и альтернативная версия, менее убедительная: связь с тюркским «батыр» (богатырь, храбрец). Однако фонетический переход «батыр» → «батож» маловероятен без промежуточных ступеней, которых в документах не обнаружено. К тому же суффикс -ний нехарактерен для тюркских заимствований в русском языке. Поэтому пастух или путник с посохом — более надёжная версия.

Фамилия редкая, не попала в массовые списки крестьянских и дворянских родов. Встречается точечно в восточной Украине, в Беларуси и в пограничных областях России (Брянская, Смоленская). Носители фамилии, скорее всего, происходят из одной локальной группы, где прозвище закрепилось за целым родом. В современных базах данных фамилия не фигурирует среди распространённых, что делает её интересным объектом для частного генеалогического поиска.