Фамилия Батухтин происходит от имени Батухта. В переводе с осетинского языка это слово означает «завернутый» или «укутанный». Скорее всего, так в народе называли ребенка, которого туго пеленали, или же человека, который постоянно кутался в одежду. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Батухтин — это «сын Батухты» или «человек из рода Батухты». Такая модель образования типична для русских фамилий, возникших от прозвищ или нецерковных имен.

Само имя Батухта — редкое, и его осетинские корни выделяют фамилию на фоне более привычных славянских основ. В русской ономастике фамилии с таким корнем встречаются нечасто, что делает Батухтиных интересным примером влияния кавказских языков на русскую фамильную систему. Если предки носителя фамилии действительно были из осетинской среды, то прозвище могло закрепиться за человеком с характерной привычкой или внешностью, а затем перешло в фамилию при переселении в русскоязычные регионы.

Географически фамилия Батухтин встречается в основном на юге России, что косвенно подтверждает версию о кавказском происхождении. В дореволюционных источниках она фиксируется среди крестьян и казаков — сословий, где прозвища часто заменяли официальные фамилии или сосуществовали с ними. Других версий происхождения, например от тюркского «батут» (богатырь) или от глагола «батухаться» (возиться), лингвисты не поддерживают из-за отсутствия прямых словообразовательных связей в русском языке. Таким образом, осетинское «завернутый» остается самым обоснованным объяснением.