Фамилия Баяганов образована от тюркского мужского имени Баяган. В основе лежит древнетюркское «бай» — богатый, знатный, господин, усиленное компонентом «-ган», который в тюркских языках выполняет роль усилительного суффикса или показателя причастия. Таким образом, Баяган можно перевести как «очень богатый», «могущественный» или «ставший богатым». Имя было распространено у многих тюркских народов, в том числе у татар, башкир, казахов и ногайцев.

Русский суффикс -ов, присоединённый к основе, — стандартный способ адаптации тюркских имён в русской фамильной системе. Он показывает принадлежность: «сын Баягана» или «из рода Баягановых». Такая модель массово закрепилась в XIX веке при переходе кочевых и сельских жителей к фиксированным фамилиям.

Примечательная деталь: фамилия сохранила архаичное написание с буквой «я» после «б», что характерно для старой орфографической записи тюркских имён через русскую кириллицу. В современных тюркских языках то же имя чаще передаётся как Баяган, Байаган или Байган, но в русских документах закрепился именно вариант через «я». Это указывает на то, что фамилия фиксировалась в период, когда русские писцы передавали тюркскую фонетику буквально, без позднейших упрощений.

Географически фамилия Баяганов встречается преимущественно в регионах с тюркским населением: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также среди казахов. Носители фамилии — потомки людей, носивших имя Баяган, которое давалось с пожеланием богатства и социального веса. Сословно предки могли быть как зажиточными крестьянами, так и представителями кочевой знати, но точных данных о едином сословном происхождении нет — имя было популярно в разных слоях.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Баянов, Баязитов, Байганов) показывает, что Баяганов — более редкая форма, сохранившая полный трёхсложный корень. В некоторых говорах возможна путаница с фамилией Байганов, где основа — «бай» + «ган» без соединительного «а», но это уже другая этимологическая ветвь.