Фамилия Баяндинов образована от тюркского имени Баянды (или его уменьшительной формы Баяндин). В основе лежит корень «баян», который в древнемонгольском и древнетюркском языках означал «богатый», «сильный», «счастливый». В казахском языке слово «баянды» имеет более конкретное значение — «верный, надёжный, крепкий». Казахи нередко используют это слово в пожеланиях, усиливая их смысл.

По модели образования фамилия типична для тюркских народов: к основе Баяндин прибавили русский патронимический суффикс -ов, что буквально означает «сын Баяндина». Такая гибридная форма — тюркское имя плюс русское окончание — характерна для фамилий, которые фиксировались в документах Российской империи, особенно среди казахов, алтайцев и других народов региона.

География фамилии подтверждает её восточное происхождение. В Книге памяти Республики Алтай записан Баяндинов Димунур, родившийся в 1910 году в Онгудайском районе. Из Сведений ДКНБ РК по Восточно-Казахстанской области известен Баяндинов Кусаин, 1892 года рождения, из Катон-Карагайского района. Оба примера указывают на бытование фамилии в южносибирском и казахстанском ареалах, где смешивались тюркские и монгольские языковые влияния.

Стоит различать фамилию Баяндинов и фамилию Баяндин — последняя встречается чаще, особенно у алтайцев и хакасов. Форма с суффиксом -ов, как у Баяндиновых, могла возникнуть при более поздней паспортизации или при записи в русскоязычных учреждениях, когда к уже существующей фамилии Баяндин добавили ещё один патронимический суффикс. Впрочем, не исключено, что Баяндинов — это прямое отчество от имени Баянды, минуя промежуточную форму.