Фамилия Баяндин образована от тюркского имени Баянды. В основе лежит древнемонгольское и древнетюркское слово bajan — «богатый», «сильный», «счастливый». Это значение напрямую связано с пожеланием благополучия: имя давали ребенку, желая ему достатка и удачи. Суффикс -ды (Баян-ды) характерен для казахской и киргизской ономастики, он превращает имя в притяжательную форму, буквально означая «принадлежащий Баяну» или «из рода Баяна». В русском языке фамилия получила типичное окончание -ин, которое указывает на принадлежность: «чей?» — Баяндин, то есть «сын Баянды» или «потомок Баянды».

Существует и альтернативная версия, связывающая фамилию с арабским именем Баян, которое переводится как «ясный», «очевидный». Однако эта гипотеза менее правдоподобна: арабское имя Баян не образует форм с тюркским суффиксом -ды, а само слово «баян» в арабском языке не имеет значения «богатство» или «сила», которые лежат в основе тюркского прототипа. Таким образом, тюркское происхождение фамилии выглядит более обоснованным.

По модели образования фамилия Баяндин стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Аргындин, Кыпчакдин, которые также восходят к тюркским именам и родоплеменным названиям с суффиксом -ды. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, происходили из степных регионов Казахстана или Киргизии, где подобные имена были распространены. В русскую фамильную систему она вошла, вероятно, через казачество или переселенцев из южнорусских губерний, контактировавших с тюркским населением.