Фамилия Баяндурян — армянская, и её основа — мужское имя Баяндур. В переводе с армянского оно означает «чистый жемчуг»: «баян» — «ясный, чистый», «дур» — «жемчуг». Родители, называя так сына, желали ему стать добрым, справедливым и хорошим человеком.

Типичный армянский фамильный суффикс -ян (в древней форме -янц) восходит к патронимическому форманту, который первоначально означал «из рода такого-то» или «из семьи таких-то». Таким образом, фамилия Баяндурян буквально значила «из рода Баяндуров». Со временем суффикс превратился в стандартный фамильный показатель, и сейчас он уже не осознаётся как указание на клановую принадлежность.

Есть и географическая привязка: на севере Армении существует село Баяндур. Именно в его окрестностях 2 ноября 1853 года произошло известное сражение между русским отрядом князя Орбелиани (7 тысяч человек) и турецкой армией Абды-паши. Вполне возможно, что часть носителей фамилии ведёт своё происхождение из этого села, получив родовое прозвание по месту жительства.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: корень Баяндур + фамильный суффикс -ян. Это типичная для восточноармянской ономастики схема, тогда как западные армяне чаще использовали суффиксы -янц, -енц. Поскольку фамилия оканчивается именно на -ян, её носители, скорее всего, происходят из Восточной Армении (в пределах современной Республики Армения).

В некоторых источниках можно встретить попытку связать основу с тюркским словом «баян» — «богатый, обильный», но для армянской фамилии такая этимология маловероятна. Армянское имя Баяндур устойчиво фиксируется в антропонимике, и его внутренняя форма («ясный жемчуг») хорошо согласуется с традицией имён-пожеланий.