Фамилия Байболина — женская форма фамилии Байболин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, от которого образована мужская основа. В русской ономастике фамилии на -ин обычно указывают на принадлежность: «чей?» — сын или потомок человека, которого звали Байбола. Само слово «байбола» или «байбол» в русских говорах и тюркских языках имеет несколько значений, и это делает фамилию неоднозначной.

Самая прямая версия: основа восходит к тюркскому имени Байбула (или Байбол), что составлено из двух частей: «бай» (богатый, господин, уважаемый) и «була» (сталь, булат). В тюркской антропонимике такие имена давали мальчикам с пожеланием крепости, богатства и знатности. Байбола — это сокращённая или диалектная форма этого имени. В русской среде, особенно в регионах с татарским, башкирским или казахским населением, такие имена нередко переходили в прозвища, а затем и в фамилии. Носитель фамилии Байболин — потомок человека, которого в деревне или в семье звали Байбола.

Менее вероятная, но возможная версия связывает «байбол» с диалектным русским словом «байболить» — говорить пустое, болтать, или с «байбак» (суслик, а также ленивый человек). Однако в этом случае ожидалась бы фамилия Байболин от прозвища Байбола (тот, кто байболит), но такая модель встречается реже. Фонетически фамилия Байболина ближе к тюркскому корню: ударение в исходном имени чаще падает на последний слог (Байбола́), что характерно для заимствованных имён.

Географически фамилия Байболина встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — как раз в зоне активного русско-тюркского контакта. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, предок-носитель фамилии жил в татарской или башкирской среде и получил фамилию по имени отца, которое в документах записали как Байбола. В XIX веке такие фамилии фиксировались у крестьян и мещан, реже — у казаков.

Таким образом, для носительницы фамилии Байболина наиболее вероятное значение — «потомок Байбулы (Байболы)», где имя пожелательное, связанное с богатством и крепостью. Фамилия — не переделанная иностранная, а органично вписавшаяся в русскую модель через суффикс -ин, и её история — это история культурного пограничья.