Фамилия Байболатова — характерный пример русской фамилии, образованной от тюркского мужского имени по стандартной для Российской империи модели. Основа здесь — имя Байболат, которое в тюркских языках (главным образом, казахском, ногайском, кумыкском) составное: «бай» означает «богатый, могущественный, господин», а «болат» — «сталь, булат». Полное значение имени — «крепкий, как сталь», «богатырь» или «несгибаемый господин». Имя было распространено у народов Северного Кавказа и Поволжья, где сталь (булат) ценилась как символ прочности и воинской доблести.

Суффикс -ов- в мужском варианте (Байболатов) указывает на принадлежность: «сын Байболата» или «из рода Байболата». Это типичная русская патронимическая модель, которая в XIX веке закрепилась за многими нерусскими народами после введения всеобщей переписи и паспортизации. Женская форма Байболатова, таким образом, означает «дочь или жена Байболатова».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили тюркоязычные мусульмане: Дагестан, Чечня, Ставрополье, Астраханская область, а также Казахстан. Встречается и у балкарцев, и у карачаевцев. В русских метрических книгах XIX века носители фамилии чаще всего записаны как «ногайцы», «татары» или «горцы». Сословно это, скорее всего, были свободные общинники или уздени (мелкопоместные дворяне у кавказских народов), реже — крестьяне, поскольку имя Байболат давали в семьях, ценивших воинскую традицию.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий на -ов, где основа — прозвище или профессия, здесь основа — полноценное личное имя, причём не каноническое (не христианское), а народное, доисламское по происхождению. Это говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, не был крещёным, а фамилию зафиксировали уже в русскоязычных документах по звучанию, без перевода. Встречаются также более редкие варианты написания — Байбулатов, Бейболатов, что связано с диалектным произношением гласных в тюркских языках.