Фамилия Байболатов — тюркская по происхождению, что сразу видно по её основе. Она образована от личного имени Байболат, которое в переводе с казахского, ногайского и других тюркских языков означает «богатая сталь» или «крепкий, как сталь» (бай — «богатый, могучий», болат — «сталь, булат»). Это имя-пожелание: родители надеялись, что сын вырастет сильным, несгибаемым и состоятельным человеком. Русский суффикс -ов добавился при оформлении фамилии по стандартной модели, принятой в Российской империи для нерусских народов: имя → фамилия на -ов.

Географически фамилия чаще всего встречается среди народов Северного Кавказа — особенно у осетин, чеченцев, ингушей, а также у кумыков и ногайцев. В Осетии, например, имя Байболат (в форме Байбулат) было распространённым, и фамилия Байбулатов там весьма обычна. Вариант Байболатов — та же основа, но с сохранением полного звучания имени. Встречается она и у казахов, хотя там чаще используют форму Байболат без русского окончания.

Слово «болат» в основе фамилии — не просто «сталь», а именно булат, высокоуглеродистая сталь, из которой на Востоке делали знаменитые клинки. Так что прозвище Байболат мог получить не только ребёнок, но и взрослый мужчина, прославившийся твёрдостью характера или мастерством оружейника. Второй вариант менее вероятен, но тоже возможен: в тюркской среде фамилии нередко закрепляли профессиональные прозвища.

Суффикс -ов указывает, что фамилия прошла через русское делопроизводство — скорее всего, в XIX веке, когда на Кавказе и в степных областях шёл массовый учёт населения. В отличие, скажем, от фамилий на -их/-ых или -ский, модель на -ов здесь стандартна и не несёт дополнительной сословной окраски: её могли получить и князья, и крестьяне. Среди носителей фамилии Байболатов есть люди разных профессий, но по открытым данным фамилия остаётся редкой — её нет в сотнях самых распространённых русских фамилий, что подтверждает её локальный, этнически окрашенный характер.