Фамилия Байдашников — классический пример русского отчества, образованного от прозвища или имени. В её основе лежит слово «Байдаш», а суффикс «-ников» указывает на принадлежность: буквально «сын Байдаша» или «потомок Байдаша». Такая модель (основа + -ник + -ов) встречается реже, чем простое -ов или -ин, и обычно закреплялась за людьми, чей предок имел устойчивое прозвище или занимался определённым делом.

Корень «Байдаш» вызывает споры у этимологов. Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В татарском, башкирском и казахском языках слово «байда» или «байдаш» означает «бедняк», «холостяк», а также может относиться к человеку без семьи или хозяйства. В русских говорах, особенно в южных и поволжских регионах, где было сильное тюркское влияние, такое прозвище могли дать пришлому или обедневшему человеку. Менее убедительна версия, что «Байдаш» — это искажённое крестильное имя (например, от Варфоломея или Вадима): звуковых соответствий слишком мало, а тюркская основа объясняет фамилию проще и без натяжек.

Суффикс «-ников» в фамилиях часто связывают с профессиональными прозвищами: скажем, Бортников, Свечников. Но в случае с Байдашниковым это, скорее, патроним: прозвище Байдаш дало форму Байдашник («человек, имеющий отношение к Байдашу»), а уже от неё образовалась фамилия. Такая цепочка (прозвище → отчество на -ник → фамилия на -ов) типична для XVI–XVII веков, когда фамилии только закреплялись.

Географически фамилия тяготеет к регионам бывшего Казанского ханства и Поволжья: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Самарская области. Встречается она и в центральной России, но реже. Сословного барьера у Байдашниковых не было: среди носителей могли быть и крестьяне, и мещане, и казаки. В казачьей среде, где прозвища давали меткие и нередко тюркские, фамилия могла закрепиться особенно легко.

Родственных фамилий, образованных от того же корня, немного: Байдашев, Байдашов, Байдаш. Но все они ведут родословную к одному и тому же прозвищу, которое когда-то чётко характеризовало человека — возможно, одинокого и небогатого, но запомнившегося соседям именно этим.