Фамилия Байшокенов — яркий пример тюркской модели образования русских фамилий, где основой стало сложное имя или прозвище. Она состоит из двух корней: «бай» (в переводе с казахского, башкирского и других тюркских языков — «богач», «господин», «хозяин») и «шокен» (вариант арабского имени Шугаиб, которое через тюркское посредничество дало формы Шокан, Шокен). Таким образом, исходное личное имя Байшокен означало «богатый (или господин) Шокен» — типичная для кочевых обществ конструкция, где «бай» добавлялось к имени для подчеркивания статуса или как пожелание благополучия.

Суффикс -ов в конце фамилии — это уже русское окончание, которое получили все тюркские фамилии при русификации документации: Байшокен + ов = «сын (или потомок) Байшокена». Такая модель образования характерна для фамилий, возникших в XIX — начале XX века среди казахов, башкир, татар и других народов, входивших в состав Российской империи. Если бы фамилия сохранила чисто тюркскую форму, она звучала бы как Байшокенулы (у казахов) или Байшокенов (в русской записи).

Географически фамилия Байшокенов встречается прежде всего в Казахстане, особенно в западных и северных областях, а также среди казахской диаспоры в России (Оренбургская, Астраханская области). Встречается и вариант Байшокен — без русского окончания, но он редок.

Интересно, что в основе фамилии лежит не простое имя, а составное, что говорит о знатном или зажиточном происхождении предка. «Бай» в тюркских именах — маркер уважения, поэтому первый носитель такого имени, скорее всего, был человеком состоятельным или старейшиной рода. Однако фамилия не обязательно указывает на дворянство в русском понимании: в казахском обществе «бай» — это скорее социальное положение, чем сословный титул.

С точки зрения ономастики, Байшокенов — относительно молодая фамилия, закрепленная в документах не ранее середины XIX века. Она не имеет славянских аналогов, но по типу образования схожа с фамилиями Баймурзаев, Байгазин, Байназаров — все они построены по одной модели «бай + личное имя + русский суффикс».