Фамилия Бебешкин — один из тех случаев, когда неочевидная основа скрывает за собой не имя, а прозвище, причём скорее всего звукоподражательное. Сразу скажем: ничего общего с «бебехой» (жаргонное «грудь») или с птицей-бекасом эта фамилия не имеет. Всё проще и конкретнее.

Корень «бебеш-» восходит к диалектному глаголу «бебешить» или «бебешкать» — так в ряде русских говоров, особенно на севере и северо-востоке, называли невнятную, детскую или бормочущую речь. Человек, который говорил быстро, сбивчиво, «бебешкал», мог получить прозвище Бебешка. А уж от него по стандартной модели с суффиксом принадлежности -ин образовалась фамилия Бебешкин — буквально «сын Бебешки». Модель типична для имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я: как Пушкин от Пушка, так и Бебешкин от Бебешка.

Вторая, менее вероятная, но не отбрасываемая версия — связь с тюркским корнем «бебе» (ребёнок, младенец) или «бебеш» (малыш). В таком случае прозвище могло указывать на молодость, маленький рост или незрелость предка. Однако для русского ономастикона эта линия спорна: фамилии на -шкин с тюркской основой встречаются реже, чем славянские звукоподражания, и обычно имеют иной ареал.

Географически фамилия редкая и локальная. По данным переписей и архивов XIX — начала XX века, Бебешкины фиксируются преимущественно в Вятской и Пермской губерниях, а также в Зауралье. Это зона активного бытования «окающих» говоров, где слово «бебешкать» действительно употреблялось. В центральных и южных регионах фамилия почти не встречается, что косвенно подтверждает севернорусское происхождение.

Социальный состав носителей типичен для крестьянских фамилий на -ин: в основном государственные и бывшие монастырские крестьяне, реже — мещане. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет, что естественно для прозвища, данного за манеру речи, а не за заслуги.

Таким образом, Бебешкин — фамилия-характеристика, образованная от прозвища говорливого или невнятно бормочущего человека. Она не связана с животными, профессиями или именами святых, зато сохранила живую диалектную черту, которая сегодня почти утрачена.