Фамилия Бебешина — женская форма фамилии Бебешин, которая образована от прозвища Бебеша. В основе прозвища лежит тюркское слово «бебеш». Согласно данным тюркской ономастики, в караимском языке (кыпчакская группа тюркских языков, близкая к крымско-татарскому) «бебеш» означает «гуляка». Скорее всего, прозвище Бебеша получил человек, ведущий весёлую, беззаботную и беспечную жизнь. В этом значении прозвище могло закрепиться за человеком, который не любил сидеть на месте, предпочитал праздное времяпрепровождение или имел репутацию легкомысленного.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Бебешин), то есть первоначально «сын Бебеши». Эта модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я. Географически фамилия Бебешина встречается в регионах, где исторически были сильны тюркские влияния — в Поволжье, на Урале, в Сибири, а также среди потомков крымских татар и караимов, переселившихся в центральную Россию.

Обратим внимание на редкость корня: в отличие от частых тюркских заимствований вроде «баш» (голова) или «бек» (князь), слово «бебеш» — лексически узкое. Это делает фамилию Бебешина ценной для этимолога: она сохранила слово, которое почти вышло из употребления в живых тюркских языках. В современных тюркских наречиях «бебеш» встречается редко, преимущественно в диалектах крымского региона, что даёт дополнительную привязку к ареалу происхождения прозвища.

Иных версий происхождения (например, от славянского корня или от личного имени) не существует — фамилия однозначно тюркская по основе и русская по оформлению.