Фамилия Бебко — яркий пример украинской модели фамилий на -ко, характерной для Поднепровья, Западной Украины и Полесья. Суффикс -ко в украинской ономастике выполнял две функции: уменьшительно-ласкательную (как в словах «батько», «синко») и патронимическую, то есть указывал на происхождение от отца или носителя прозвища. В фамилии Бебко основа — прозвище Бебко, которое, в свою очередь, образовано от нарицательного «бебе».

В украинских говорах слово «бебе» многозначно. Его основные значения — «ребенок, младенец», «кукла» и «длинное платье особенного кроя для девочек». Отсюда расходятся две версии происхождения фамилии, и обе имеют под собой бытовую почву.

Первая версия — ласкательная. Прозвищем Бебко родители могли называть младшего, позднего или самого любимого ребенка в семье. В крестьянской среде, где детей часто звали не по имени, а по возрасту или порядку рождения (Меньшой, Последок, Малыш), такое прозвище легко закреплялось и переходило в фамилию. Позже суффикс -ко оформил его как родовое имя.

Вторая версия — профессиональная. Если предок носителя фамилии шил детские платья, торговал куклами или изготавливал их на продажу, его могли прозвать Бебко — по товару. В ремесленных слободах и местечках, где специализация была узкой, подобные именования по продукту труда — обычное дело. Сравните с фамилиями Лялько (от «лялька» — кукла) или Кравец (портной).

Фамилия Бебко не относится к числу распространенных дворянских фамилий — её корни, скорее всего, крестьянские или мещанские. Встречается преимущественно в западных и центральных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев в России. Однофамильцы могут иметь общего предка, получившего прозвище по одному из этих двух значений, и без генеалогического исследования сказать, по какому именно, сложно.