Фамилия Бебенко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII–XVIII веках распространилась по всей Левобережной и Слободской Украине, а затем и в южнорусских землях. Суффикс -енко в украинской ономастике означает «маленький», «сын» или «потомок»: Бебенко — это буквально «сын Бебы» или «маленький Беба». Основа фамилии — прозвище Беба, которое могло иметь два разных корня.

Первая и самая очевидная версия — звукоподражательная. «Беба» в украинских и южнорусских говорах часто обозначала младенца, маленького ребёнка (ср. русское «бэбэ» как детский лепет). Прозвище Беба могли дать либо самому младшему в семье, либо человеку с детскими чертами характера — капризному, плаксивому или, наоборот, вызывающему умиление. В этом случае фамилия Бебенко — аналог русских Деткин, Малышов или украинских Малюченко, Дитятко.

Вторая версия менее распространена, но имеет право на существование: Беба — это сокращённая форма имён Бенедикт, Богдан или Борис (по модели, где от имени берётся первый слог). В этом случае Бебенко — патроним от крестильного имени, что тоже типично для украинской традиции. Однако в пользу первой гипотезы говорит то, что прозвища от детского лепета встречаются во многих славянских культурах (ср. польское Bebe, чешское Bebák), а фамилия Бебенко встречается в основном на территории Украины, где такие прозвища были особенно живучи.

Фамилия не относится к дворянским или старинным боярским — это фамилия позднего происхождения, характерная для крестьян, казаков и мещан. По данным современных справочников, наибольшая концентрация носителей Бебенко — в Черкасской, Полтавской и Харьковской областях, а также в Краснодарском крае России, куда фамилия попала с переселенцами из Малороссии в XIX веке. В русском контексте её часто путают с фамилией Бебенин, но это разные модели: Бебенин — русский вариант с суффиксом -ин, от прозвища Бебеня, тогда как Бебенко — чисто украинская форма.