Фамилия Бебнева (и её мужская форма Бебнев) происходит от прозвища Бебень. В основе лежит диалектное слово «бебень», у которого было несколько значений. Первое — «кузов, мешок»: такой человек мог плести корзины и лукошки или торговать ими. Второе — «живот, внутренности»: так могли прозвать полного, тучного человека. Есть и третья версия: прозвище могли дать любителю старинного русского кушанья «бебеня» — каши или киселя из муки или толокна с добавлением жира или молочных продуктов.

Одно из первых упоминаний родственного прозвища относится к середине XVI века. В исследованиях С. Б. Веселовского записан Бебеня Стефан Давидов, 1568 год, Белоозеро. Фамилия образовалась типичным для русского языка способом: к основе Бебень добавился суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Бебнев). Со временем ударение могло сместиться, и фамилия бытует в двух вариантах произношения: Бебнева и Бебнёва.