Фамилия Бебенова — женская форма фамилии Бебенов, и её происхождение связано с прозвищем или неканоническим именем Бебеня. В основе лежит диалектное слово «бебеня», которое в русских говорах означало нечто распухшее, набухшее, вздутое. Так могли прозвать человека с припухлостями на лице или с заметной полнотой. В некоторых регионах «бебеней» называли вид гриба-дождевика, что тоже могло стать прозвищем по внешнему сходству.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов-/-ев- указывает на принадлежность («чей?»), то есть Бебенов — сын или потомок Бебени. Такая форма характерна для центральных и северных областей России, где фамилии на -ов/-ев массово складывались в XVI–XVII веках.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» есть указание на корень «беб-», который встречается в поволжских и псковских говорах в значении «глупый, простоватый человек». Однако для фамилии Бебенов более вероятна связь именно с внешним признаком, а не с умственными качествами, потому что прозвища по физическим чертам давались гораздо чаще.

Фамилия редкая и локальная. По данным открытых источников, основные очаги Бебеновых — в Воронежской, Липецкой и Ростовской областях. Это говорит о том, что прозвище могло быть зафиксировано в южнорусской диалектной среде, где «бебеня» могло звучать иначе — как «бебень» или «бебенок».

Известных носителей фамилии в истории немного, и они не относятся к дворянским родам. Вероятнее всего, предки Бебеновых были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по уличному прозвищу при переписях XVII–XVIII веков. В современном употреблении фамилия сохраняет ударение на втором слоге — Бебе́нова.