Фамилия Бебеничева — женская форма фамилии Бебеничев, и её разбор стоит начать с необычного суффикса. В русских фамилиях чаще встречаются -ов/-ев, -ин или -ский. Суффикс -ичев указывает на отчество, образованное от прозвища или имени, оканчивающегося на -ич. Модель «основа + ич + ев» типична для восточнославянских фамилий, но встречается реже, чем простые патронимы. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был известен под именем или прозвищем Бебенич.

Основа «Бебен-» почти наверняка восходит к диалектному или просторечному слову «бебеня». В русских говорах так называли толстого, неповоротливого человека, увальня. Слово это звукоподражательное, связанное с глаголом «бебенить» (говорить вздор, болтать, а также тяжело ступать). В словаре В. И. Даля «бебеня» — это «разгильдяй, рохля». Прозвище Бебеня давали человеку медлительному, грузному или, напротив, болтливому, в зависимости от местного значения. От этого прозвища и пошло отчество Бебенич (сын Бебени), а затем и фамилия Бебеничев.

Географически фамилия привязана к центральным и южнорусским областям. По данным современных исследований, Бебеничевы чаще встречаются в Воронежской, Липецкой и Рязанской областях. Это регионы, где сохранились говоры с лексикой, отмеченной у Даля. Встречаемость невысокая, что характерно для фамилий, образованных от редких прозвищ.

Таким образом, корень фамилии — не книжный, а бытовой, крестьянский. Бебеничев — это не потомок знатного рода, а человек, чей предок получил прозвище за характерную внешность или манеру поведения. Фамилия не имеет отношения к тюркским или западным корням, это исконно русское образование, застывшее в форме отчества с нестандартным суффиксом.